从目前研究结果来看，引起肝胆综合症的原因主要有以下几类：

1、养殖密度过大，水体环境、底质恶化。

特别是底质、水质的持续恶化，有毒有害物质长时间超标所致，养殖密度大的水体在养殖中后期，水体和池底的粘度大，形成渗透压高、交换能力差，造成水产动物的解毒能力弱，就会形成闭合，生物膜的功能失调，这样鱼肌体内的毒素排不出，但恶化水环境的毒素依然会进入鱼的肌体，造成机体内部生理机能紊乱甚至破坏。比如，当水体中的氨氮浓度过高时，鱼体内氨的代谢产物难以正常排出而蓄积于血液之中，引起鱼类代谢失衡引发肝胆疾病。
2、经常使用消毒杀菌剂、杀虫剂、杀藻剂、重金属盐类化学药物，以及有害藻类产生的藻毒素等。

造成有毒物质在水中和池底积累过多，在遇到水体倒藻、气压偏低等不利条件下所造成的氧债时，引发鱼类代谢不畅、解毒排毒能力变差，而肝脏作为鱼类肌体内关键的解毒器官，持续积累造成肝脏功能出现严重问题。

3、饲料酸败变质、营养成分的失衡和饲料添加过多杂粕，以及维生素缺乏。

鱼饲料氧化、酸败、发霉、变质。脂肪是易被氧化的物质，脂肪氧化产生的醛、酮、酸对鱼类有毒，将直接对肝脏造成损害。胆碱、VE、生物素、肌醇、Vb等都参与鱼体内的脂肪代谢，缺乏上述维生素均会造成鱼体内脂肪代谢障碍，导致脂肪在肝脏中积累，诱发肝病。棉粕中的棉酚、菜粕中的硫葡萄糖甙、劣质鱼粉中的亚硝酸盐等有毒有害物质均能引发鱼类的肝胆类疾病。

4、鱼虾混养或经常投喂高蛋白营养饲料。

蛋白质含量过高、碳水化合物含量偏高或长期使用动物性脂肪和高度饱和脂肪酸等，导致饲料能量蛋白比过高。高蛋白饲料易诱发肝脏脂肪积累，破坏肝功能，干扰鱼类正常生理代谢。碳水化合物含量过高，会引起鱼类糖代谢紊乱，造成内脏脂肪积累，妨碍正常的机能，其主要病变部位是肝脏，大量的肝糖积累和脂肪浸润，造成肝肿大，色泽变淡，外表无光泽，严重的脂肪肝还可引发肝病变，使肝脏失去正常机能，因此，出现了以肝胆疾患为主要特征的鱼类疾病，即鱼类肝胆综合症。