1．提高动物机体免疫力。
微生态制剂也是一种很好的饲料添加剂，并能起到机体免疫激活剂的作用，能刺激动物产生干扰素，提高免疫球蛋白浓度和巨噬细胞的活性，通过非特异性免疫调节因子等激发机体免疫力的增强。动物口服后，能调整肠道内菌群构成，使肠道内的微生态平衡加以改善，活化肠粘膜内的相关淋巴组织，使SigA抗体分泌增强，提高免疫力，并诱导T、B淋巴细胞和巨噬细胞等产生细胞因子，通过淋巴细胞再循环而活化全身的免疫系统，从而增强机体免疫力。
2．净化水质，消除污染物。
由于长期的养殖，水体内会残留大量的残饵、粪便等有机污染物，并有大量动植物尸体，这些有机污染物在嫌气细菌的作用下会分解产生大量对水产养殖动物有毒有害的气体。如氨气、硫化氢等进而危害养殖动物的生存和生长。微生态制剂中的水质净化剂在微生物的代谢过程中具有气化、氨化、硝化、反硝化、解磷及固氮等作用，能将上述物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等无毒物质，进而被水体中的微藻类加以利用，起到净化水质的作用；另外，还从两个方面间接起到增加水体溶氧的作用：一是通过降低COD而增加溶氧，二是通过促进藻类繁殖和生长而增加放氧量。目前常用的水质净化剂有光合细菌、乳酸菌、芽孢杆菌等。
3．促进养殖动物生长。

微生态制剂对水产养殖动物的生长有一定促进作用，其原因是多方面的：一是作为饲料添加剂的微生态制剂其菌体含有大量的营养物质，如蛋白质、矿物质和维生素等，为养殖动物补充营养。光合细菌的粗蛋白质含量高达65%，富含维生素、泛酸、生物素、叶酸、类胡萝卜素、钙、磷和多种微量元素及辅酶Q等。二是一些微生物在发酵或代谢过程中产生促生长类的生理活性物质，产生各种酶类并提高动物体内消化酶的活性等，有助于养殖动物对食物的消化和吸收，促进其生长和发育。

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